Deducciones por inversión en I+D+I

Como es sabido, la Administración Tributaria, desde la aprobación del artículo 35.4 del RD 4/2004 y continuando con el mismo artículo de la LIS, ha cuestionado históricamente las deducciones por inversión en I+D+i por ser una fuente de desgravación de impuestos muy alta. 

A este respecto, para dar mas seguridad, históricamente los contribuyentes utilizado los informes del Ministerio de Ciencia como respaldo de las deducciones aplicadas. Estos informes los rebate la  AEAT con informes de su Equipo de Apoyo Informático (EAI), en los que se acepta la calificación de los proyectos de innovación tecnológica, pero no las inversiones y gastos realizados. 

En los últimos años, esta cuestión ya generado muchos pleitos, pero el Tribunal Supremo, finamente ha resuelto sobre la problemática mediante tres sentencias de 8 de octubre de 2024, cuyos argumentos se expondrán en esta circular.

Según el artículo 35.4.e) del Real Decreto Legislativo 4/2004, de 5 de marzo, por el que se aprobó el texto refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades (vigente hasta 2014), para aplicar la deducción por inversión en I+D+i, los sujetos pasivos podían aportar un informe del Ministerio de Ciencia e Innovación. La vigente Ley del Impuesto sobre Sociedades contiene, en su artículo con el mismo número, una previsión similar. 

En numerosos procedimientos, la Administración Tributaria ha negado la aplicación de la deducción por inversión en I+D+i a proyectos de innovación tecnológica basándose en informes redactados por su Equipo de Apoyo informático  – una unidad interna de la misma Hacienda –, contradiciendo los dictámenes emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación.

Esta tesis restrictiva de la Administración es mantenida, entre otras, en tres sentencias de la Audiencia Nacional, que fueron impugnadas mediante los recursos de casación números 948/2023, 1633/2023 y 1635/2023. 

Dichos recursos fueron resueltos por sentencias del Tribunal Supremo de 8 de octubre 2024, mediante las cuales se acordó la anulación de las sentencias de la Audiencia Nacional y la consecuente nulidad de las liquidaciones recurridas en las que la Administración había negado la deducción en el IS amparándose en un informe del EAI. 

La decisión del Alto Tribunal se fundamenta en los siguientes argumentos: 

• Los informes emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación vinculan a la Administración en todos los sentidos. Esto quiere decir que no vinculan solo en lo referido a la calificación de un proyecto como de innovación tecnológica, sino también en las inversiones y gastos que hayan sido objeto de evaluación positiva. 
• Tales informes vinculantes no pueden ser rebatidos ni ignorados por la Administración Tributaria, ni en la calificación de los proyectos merecedores de la deducción ni en lo relativo a los gastos incluidos en dichos proyectos. 
• La Administración no puede privar a un contribuyente de un derecho reconocido por un informe vinculante mediante un dictamen contrario que no procede de un órgano independiente, sino del EAI, que es un órgano de la propia AEAT que no cuenta con autonomía funcional para llegar a conclusiones imparciales y tampoco consta que posea los conocimientos técnicos y científicos necesarios para valorar la calificación de los proyectos como innovación tecnológica. 
• Los informes del Ministerio tienen como objetivo proteger a los contribuyentes de las posibles correcciones que, arbitrariamente, pudiera practicar la Administración. 

Con esta sentencia, el Tribunal Supremo proporciona seguridad jurídica a las entidades que apliquen la deducción por innovación tecnológica, en la medida que garantiza que los informes del Ministerio de Ciencia e Innovación sean respaldados en su totalidad y no puedan ser rebatidos por dictámenes internos de la Administración Tributaria. 

Cabe tener en cuenta que las sentencias del TS se refieren a los periodos impositivos a los que se aplica el derogado Real Decreto Legislativo 4/2004, por lo que queda abierta la posibilidad de que la Administración cuestione las deducciones aplicadas a los periodos impositivos iniciados a partir de 1 de enero de 2015 con la entrada en vigor de la actual Ley 27/2014. 

Agradecimientos a Fatu Sillah, asesora fiscal, por la redacción de este artículo.